＜更新9６＞
2020年３月6日 AM６時２０分
休校していないドイツのブログ
以下コピペ
Mehrheit der Deutschen sieht Corona-Infektionsgefahr gelassen
Drei Vierteln der Bevölkerung macht das Virus kaum Angst.
Das Amt für Bevölkerungsschutz wertet die Lage "ausdrücklich und bewusst nicht" als Katastrophe.
Das Newsblog
Von Tilman Steffen, Andrea Buhtz, Angelika Finkenwirth, Karin Geil, Anne Schwedt und Jurik Caspar Iser
5. März 2020, 7:56 UhrAktualisiert am 5. März 2020, 20:23 Uhr988 Kommentare
Wegen
der Ausbreitung des Virus besuchen derzeit nach Unesco-Angaben 300 Millionen
Kinder weltweit nicht die Schule. Italien hat bereits alle Schulen und
Universitäten geschlossen, nun folgt Iran. Hier bleiben die Bildungshäuser bis
20. März geschlossen. In Japan findet in den meisten Schulen vor den Ferien
Ende März kein Unterricht mehr statt. Indiens Hauptstadt Neu-Delhi kündigte an,
alle Grundschulen bis Monatsende zu schließen. Regional werden in anderen
Staaten auch Schulen geschlossen, etwa in Griechenland. Die Präsidentin der
Kultusministerkonferenz, Stefanie Hubig, sieht dafür in Deutschland derzeit
keine Notwendigkeit. Ein Blick nach Europa: In Deutschland sind derzeit
mindestens 400 Infektionsfälle bekannt. Die überwiegende Mehrheit der Deutschen
bleibt angesichts dieser Entwicklung gelassen. Im ARD-Deutschlandtrend geben 76
Prozent der Befragten an, sie hätten nur geringe Sorge, sich mit dem Virus
anzustecken. Im Vormonat hatten dies noch 89 Prozent gesagt. 17 Prozent machen
sich große Sorgen. In Europa ist Italien mit mindestens 3.000 bestätigten
Infizierten und 107 Todesfällen der größte Coronavirus-Infektionsherd in
Europa. Binnen 24 Stunden wurden 28 weitere Todes- und 587 neue Krankheitsfälle
gezählt. Viele Menschen sind aber mittlerweile auch wieder gesund geworden. Die
Krankheit verläuft in den allermeisten Fällen harmlos, die Patienten zeigen nur
geringe Symptome, darunter Kopf- oder Gliederschmerzen, Husten und Schnupfen.
Gefährdet sind alte Menschen, Geschwächte oder bereits anderweitig erkrankte
Menschen. Die Schweiz meldete ihren ersten Todesfall: eine 74-Jährige in
Lausanne. In Frankreich ist die Zahl der Toten auf sechs gestiegen. Infiziert
sind hier knapp 300. Mehr als 200 Infektionen meldet Spanien, elf davon in
einem Seniorenheim in Madrid. In Österreich gibt es mittlerweile 37
Infektionen. Zweistellige Fallzahlen melden Schweden, Norwegen, die
Niederlande, Belgien, Großbritannien, Dänemark. In einer Vielzahl von Ländern
gibt es darüber hinaus Einzelfälle. Das bedeutet nicht, dass die Epidemie
dorthin noch nicht vorgedrungen ist. Wie viele Fälle erkannt werden, hängt auch
von der Qualität und Leistungsstärke des Gesundheitswesens ab. Ungarn,
Slowenien, Bosnien sowie Südafrika registrierten ihre ersten Infektionsfälle.
Ein weltweiter Überblick des Tages in Zahlen: In China wurden mittlerweile mehr
als 80.400 Infektionen und mehr als 3.000 Tote gezählt. Südkorea ist nach China das Land mit den
meisten Fällen: Mehr als 6.000 Infektionen und 35 Todesfälle wurden hier
registriert. Der Beginn des neuen Schuljahres wurde wegen der Epidemie auf den
23. März verschoben.Im Iran ist die Zahl der Toten auf 107 gestiegen. Es gibt
hier mindestens 3.500 Infizierte. Dreistellige Infiziertenzahlen melden Japan
(303), das dicht besiedelte Singapur und Hongkong.
In
Thailand steigt die Zahl der Infizierten auf 47. Ähnlich sieht es in Malaysia,
Australien, Kanada und dem Irak aus. In den USA stieg die Zahl der Todesfälle
auf elf, mindestens 159 Menschen sind infiziert. Unter anderem Südafrika
bestätigte einen ersten Infektionsfall. Die italienische Regierung
verschiebt ein wichtiges Verfassungsreferendum wegen der Epidemie. Das
Referendum sollte am 29. März stattfinden, dabei sollten die Bürger über eine
Reduzierung der Zahl der Parlamentarier entscheiden. Wann es nachgeholt werden
soll, ließ Ministerpräsident Giuseppe Conte offen. Italien ist das Land in
Europa mit den meisten bestätigten Infektionen. Mittlerweile sind es mehr als
3.000 Fälle, mehr als 100 Menschen starben bisher. Das Budget für das geplante
Maßnahmenpaket zur Milderung der wirtschaftlichen Auswirkungen verdoppelt die
Regierung auf 7,5 Milliarden Euro. Das Geld soll nach Angaben von
Finanzminister Roberto Gualtieri den nationalen Gesundheitsdienst, die Polizei
und den Zivilschutz unterstützen.
Das
Auslesen von Bewegungsdaten aus dem Mobiltelefon wäre nach Einschätzung des
Robert Koch-Instituts eine gute Möglichkeit, um Kontaktpersonen von Infizierten
aufzuspüren und so die Ausbreitung des Virus zu verlangsamen. "Wir wissen
inzwischen, dass das technisch möglich ist", sag RKI-Präsident Lothar
Wieler. Ein kleines Team des Instituts habe mit Mitarbeitern anderer
Institutionen in den vergangenen beiden Tagen "erste Überlegungen"
angestellt. Es werde in Ruhe besprochen, ob das für die Gesellschaft akzeptabel
wäre. Für ihn sei klar, dass das nur möglich wäre, "wenn der einzelne
seine Daten auch spenden würde", sagte Wieler. Frankreich deckelt die
Preise für Desinfektionsmittel. Denn die Nachfrage hatte die Preise stark
steigen lassen. Ein Regierungsdekret sieht vor, dass ab Freitag 50 Milliliter
maximal zwei Euro kosten dürfen, 100 Milliliter maximal drei Euro. Die
Regierung wies aber auch darauf hin, dass es genauso wirksam sei, sich die
Hände mit normaler Seife zu waschen. Präsident
Emmanuel Macron hatte zudem angekündigt, dass die Regierung den derzeitigen
Bestand an Atemschutzmasken im Land übernimmt. Sie sollen allen
Coronavirus-Patienten und Mitarbeitern des Gesundheitswesens vorbehalten
bleiben.
ユネスコによると、ウイルスの広がりにより、世界中の3億人の子どもたちが学校に通っていません。イタリアはすでにすべての学校と大学を閉鎖していますが、現在はイランがそれに続きます。ここでは、教育機関は3月20日まで閉鎖されます。日本では、ほとんどの学校で3月末までに授業がありません。インドの首都ニューデリーは、今月末までにすべての小学校を閉鎖すると発表しました。地域的には、学校はギリシャなど他の国でも閉鎖されています。教育大臣会議の議長であるステファニー・フービグは、現在ドイツではこれが必要ないと考えています。ヨーロッパの概観：現在、ドイツでは少なくとも400例の感染が知られています。ドイツ人の大多数は、この発展について冷静を保っています。
ARDドイツの傾向では、調査対象者の76％が、ウイルスの感染についてほとんど心配していないと述べています。前月、89％がそう言った。 17％は非常に心配しています。ヨーロッパでは、イタリアはヨーロッパで最大のコロナウイルス感染センターであり、少なくとも3,000人の感染が確認され、107人が死亡しています。さらに28人の死亡と587人の新しい症例が24時間以内に数えられました。しかし、今では多くの人々が回復しています。この病気はほとんどの場合無害であり、患者は頭痛や体の痛み、咳、鼻水などの軽微な症状しか示しません。老人、衰弱した人、またはそうでなければ病気にかかっている人は危険にさらされています。スイスは、ローザンヌで74歳の最初の死を報告しました。フランスでは、死者数は6人に増えました。ここでは約300人が感染しており、スペインでは200人以上の感染が報告されており、そのうち11人はマドリードの老人ホームで感染しています。現在、オーストリアでは37の感染があります。 2桁の発症数は、スウェーデン、ノルウェー、オランダ、ベルギー、イギリス、デンマークを報告しています。また、多くの国で孤立したケースがあります。それは、流行がまだそこに来ていないという意味ではありません。認識される症例の数は、医療システムの品質と性能にも依存します。ハンガリー、スロベニア、ボスニアおよび南アフリカは、感染症の最初の症例を登録しました。その日の世界的な数の概要：中国では、80,400を超える感染と3,000を超える死亡が現在カウントされています。中国に次いで、韓国が最も多い国です。ここでは6,000人以上の感染と35人の死亡が登録されています。流行のために新学期の始まりは3月23日に延期され、イランの死者数は107人に増加しました。ここには少なくとも3,500が感染しています。日本（303）、人口密度の高いシンガポールと香港は3桁の感染を報告しています。タイでは、感染者の数は47人に増えました。状況はマレーシア、オーストラリア、カナダ、イラクでも同様です。米国では、少なくとも159人が感染し、死亡者数は11人に増加しました。南アフリカは、とりわけ、感染の最初の症例を確認しました。イタリア政府は、流行のために憲法上の重要な国民投票を延期しています。国民投票は、国民が議員の数を減らすことを決定すべき3月29日に行われる予定でした。ジュゼッペ・コンテ首相は、スケジュールを変更する必要があるときはオープンのままにした。イタリアは、ヨーロッパで最も感染が確認された国です。現在3,000件以上の症例があり、これまでに100人以上が死亡しています。政府は、経済的影響を75億ユーロに緩和するために計画されている対策パッケージの予算を倍増しています。ロベルト・グアルティエーリ財務大臣によると、このお金は国の保健サービス、警察、市民防衛を支援すると言われています。
ロバートコッホ研究所によると、携帯電話から移動データを読み取ることは、感染者の連絡先を追跡し、ウイルスの拡散を遅らせる良い方法です。
「これが技術的に可能であることが今わかっています」と、RKIのLothar
Wieler社長は述べました。研究所の小さなチームは、過去2日間に他の機関の従業員と「最初の検討」を行いました。これが社会に受け入れられるかどうかは、平和的に議論されます。彼にとって、これは「個人が自分のデータも寄付した場合にのみ」可能であることは明らかでした、とウィーラーは言いました。フランスは消毒剤の価格に上限を設けています。需要により価格が急激に上昇したためです。政府の法令は、金曜日から50ミリリットルが最大2ユーロ、100ミリリットルが最大3ユーロかかることを規定しています。政府はまた、通常の石鹸で手を洗うことも同様に効果的であることを指摘しました。エマニュエル・マクロン大統領は、政府が現在の呼吸器の在庫を管理することも発表した。それらはすべてのコロナウイルス患者と医療従事者のために確保されるべきです。
＜宇野＞
休校をしていないドイツの感染者数は５４５人で、
日本より多く、韓国、イランの次で、３位です。
今後の患者数の推移が注目されます。
中国以外の国で感染が広がり、
明日までに、世界で感染者数10万人を突破するでしょう。
これは、以前の予想よりも早い。
・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新9５＞
2020年３月5日 PM３時１０分
靴と通気口に注意
シンガポール国立感染症センターから、
患者の部屋のドアノブや机、便器などの他に、
通気口（ファン）と靴の表面からウイルスが検出されたことが報告された。
論文公開日：March 4, 2020
https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762692
Air, Surface Environmental, and Personal Protective
Equipment Contamination by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
(SARS-CoV-2) From a Symptomatic Patient
症候性患者からの重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）による空気、表面環境、および個人用保護具の汚染
2020年1月24日から2月4日まで、シンガポールの専用のSARS-CoV-2アウトブレイクセンターの3人の患者で、控え室と浴室を備えた空中感染隔離室（1時間あたり12回の空気交換）で26箇所の表面環境サンプルを採取した。
病室を出る研究医からの個人用保護具（PPE）サンプルも収集した。 滅菌済みの湿らせた綿棒を使用した。
サンプルは2週間で5日間収集されました。 1人の患者（患者C）の部屋は定期的な清掃の前にサンプリングされ、2人の患者（患者AとB）の部屋は定期的な清掃の後にサンプリングされた。 5000 ppmのジクロロイソシアヌレートナトリウムを使用して、タッチの高い部分を1日に2回洗浄しました。 床は、1000 ppmのジクロロイソシアヌレートナトリウムを使用して毎日掃除されました。
患者Aの部屋では病気の4日目と10日目に採取されたが、患者は定期的な清掃の後、まだ症状を示していた。
結果として、すべてのサンプルは陰性だった。
患者Bは病気の8日目に症状を示し、11日目に無症状となった。 定期的な清掃の2日後に採取したサンプルは陰性であった（表1）。
以上から、適切なクリーニングでウイルスは排除されることを実証した。
定期的な清掃の前にサンプルが収集された患者Cの場合は、室の15か所のうち13（87％）（排気ファンを含む）とトイレの5か所のうち3（60％：便器、洗面台、ドアハンドル）でウイルスが検出された（表2）。
控え室と廊下のサンプルは陰性であった。 患者Cは、肺炎を伴わない上気道病変があり、下痢はないにもかかわらずRT-PCRでSARS-CoV-2の2つの便サンプルで陽性であった。
また、患者Cでは、靴の前面の表面から1本のPPE綿棒のみが陽性で、他のすべてのPPE綿棒は陰性であった。 すべての空気サンプルは陰性だった。
環境汚染の程度にもかかわらず、空気サンプルは陰性だった。 排気口から採取された綿棒は陽性であり、ウイルスを含んだ小さな液滴が気流によって置き換えられ、通気口などの機器に堆積する可能性があることを示唆している。
＜宇野＞
いくらマスクをしても、靴を触った手で顔を触ると危険である。
・・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新9４＞
2020年３月5日 AM７時００分
中国では2つのタイプ
北京大学からの報告
On the origin and continuing evolution
of SARS-CoV-2
National
Science Review, nwaa036, https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036
Xiaolu Tang, Changcheng Wu, Xiang Li, Yuhe
Song, Xinmin Yao, Xinkai Wu, Yuange Duan, Hong Zhang, Yirong Wang, Zhaohui Qian
... Show more
Author Notes
https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463
The
SARS-CoV-2 epidemic started in late December 2019 in Wuhan, China, and has
since impacted a large portion of China and raised major global concern.
Herein, we investigated the extent of molecular divergence between SARS-CoV-2
and other related coronaviruses.
Although we found only 4% variability in genomic nucleotides between
SARS-CoV-2 and a bat SARS-related coronavirus (SARSr-CoV; RaTG13), the
difference at neutral sites was 17%, suggesting the divergence between the two
viruses is much larger than previously estimated. Our results suggest that the
development of new variations in functional sites in the receptor-binding
domain (RBD) of the spike seen in SARS-CoV-2 and viruses from pangolin
SARSr-CoVs are likely caused by mutations and natural selection besides
recombination.
Population genetic analyses of 103 SARS-CoV-2 genomes indicated that
these viruses evolved into two major types (designated L and S), that are well
defined by two different SNPs that show nearly complete linkage across the
viral strains sequenced to date. Although the L type (~70%) is more prevalent
than the S type (~30%), the S type was found to be the ancestral version.
Whereas the L type was more prevalent in the early stages of the outbreak in
Wuhan, the frequency of the L type decreased after early January 2020. Human
intervention may have placed more severe selective pressure on the L type,
which might be more aggressive and spread more quickly. On the other hand, the
S type, which is evolutionarily older and less aggressive, might have increased
in relative frequency due to relatively weaker selective pressure. These
findings strongly support an urgent need for further immediate, comprehensive
studies that combine genomic data, epidemiological data, and chart records of
the clinical symptoms of patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19).
SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）の流行は2019年12月下旬に中国の武漢で始まり、それ以来中国の大部分に影響を与え、世界的な大きな懸念を引き起こしています。ここでは、SARS-CoV-2と他の関連コロナウイルスとの間の分子の相違の程度を調査しました。
SARS-CoV-2とコウモリSARS関連コロナウイルス（SARSr-CoV; RaTG13）の間のゲノムヌクレオチドの変動は4％しか見つかりませんでしたが、中性部位の違いは17％でしたが、2つのウイルス間の相違は、以前に推定されたものよりもはるかに大きいことを示唆しています。 SARS-CoV-2およびパンゴリンSARSr-CoVからのウイルスに見られるスパイクの受容体結合ドメイン（RBD）の機能部位の新しいバリエーションの開発は、組換え以外に突然変異と自然selectionによって引き起こされる可能性があります。
103個のSARS-CoV-2ゲノムの集団遺伝分析により、これらのウイルスは2つの主要なタイプ（LおよびSと呼ばれる）に進化し、現在までにシーケンスされたウイルス株全体でほぼ完全な連鎖を示す2つの異なるSNPによって明確に定義されることが示されました。 Lタイプ（〜70％）はSタイプ（〜30％）よりも一般的ですが、Sタイプは先祖バージョンであることがわかりました。 L型は武漢の発生の初期段階でより一般的でしたが、L型の頻度は2020年1月初旬以降減少しました。人間の介入により、Lタイプにさらに厳しい選択圧力がかかった可能性があります。一方、進化的に古く攻撃性の低いSタイプは、選択圧が比較的弱いため、相対頻度が増加した可能性があります。これらの調査結果は、2019年コロナウイルス病患者のゲノムデータ、疫学的データ、および臨床症状のチャート記録を組み合わせた、より迅速で包括的な研究の緊急の必要性を強く裏付けています（COVID-19）。
要約すると、103個のシーケンスされたSARS-CoV-2ゲノムの分析により、LタイプはSタイプよりも攻撃的であり、人間の干渉がLおよびSタイプsの相対的な量をシフトした可能性があることが示唆されています。
＜宇野＞
これが、日本に当てはまるかどうかはわからない。
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＜更新9３＞
2020年３月４日 PM７時００分
ゲノム解析では5月にパンデミック
ワシントン大学の主任研究員のTrevor Bedfordは、新型コロナウイルスは感染するたびに遺伝子を変死させ、武漢のオリジナルの遺伝子は中国や周辺国で広がっているが、次々と変異したウイルスが東アジアの外で広がっていることを3月2日発表した。
その詳細は以下である。
https://bedford.io/blog/ncov-cryptic-transmission/
Cryptic
transmission of novel coronavirus revealed by genomic epidemiology
ゲノム疫学によって明らかにされた新規コロナウイルスの潜在的伝播
2 Mar
2020 by Trevor Bedford
ゲノム疫学の分野は、病原体の遺伝子配列を使用して伝播と伝播のパターンを理解することに焦点を当てています。
ウイルスは非常に迅速に変異し、感染した個人から別の個人への感染の過程で変化を蓄積します。 新興のCOVID-19パンデミックの原因となる新規コロナウイルスは、1か月に平均約2つの変異があります。 誰かが暴露された後、彼らは通常、症状が現れて伝播が起こる前に〜5日間ウイルスをインキュベートします。 他の研究では、SARS-CoV-2の「シリアル間隔」は約7日間であることが示されています。 伝送チェーンは次のようなものと考えることができます。
ここで、平均して、感染から次の感染まで7日間あります。
ウイルスが伝染するにつれて、このウイルスは月に2回の割合で変異します。 これは、平均して、伝送チェーン内の1つおきのステップに突然変異があるため、次のようになることを意味します。
これらの突然変異は一般的に本当に簡単なものです。 「A」は「T」に、または「G」は「C」に変わります。
これにより、ウイルスの遺伝コードが変更されますが、1文字の変更でウイルスの動作を変更するのは困難です。 しかし、技術の進歩により、新規コロナウイルスのゲノムを配列決定することは容易に実現可能になりました。
これは、誰かの鼻から綿棒を取り、サンプル中のRNAを抽出し、化学と非常に強力なカメラを使用してこのRNAゲノムの「文字」を決定することにより機能します。 各人のコロナウイルス感染は、30,000個の「A」、「T」、「G」または「C」の文字のシーケンスを生成します。 これらのシーケンスを使用して、どの感染がどの感染に関連しているかを再構築できます。 例として、これらの感染のうち3つをシーケンスし、次を見つけた場合：
「ゲノム」ATTT、ATCT、およびGTCTを取得し、シーケンスATTTの感染がシーケンスATCTの感染につながり、この感染がシーケンスGTCTの感染につながると推測できます。このアプローチにより、疫学と伝染についてまったく新しい方法で学ぶことができ、より伝統的な接触追跡と症例ベースの報告を補うことができます。
数年前から、私たちはNextstrainソフトウェアプラットフォームに取り組んでいます。これは、ゲノム疫学を可能な限り迅速かつ有用にすることを目的としています。以前、これをエボラ、ジカ、季節性インフルエンザなどの大流行に適用しました。技術の進歩とオープンデータ共有により、140のSARS-CoV-2コロナウイルスのゲノムが、gisaid.orgを介して世界中から共有されています。これらのゲノムは共有されているため、GISAIDからそれらをダウンロードし、可能な限り迅速にグローバルマップに組み込み、nextstrain.org
/ ncovで新規コロナウイルスのゲノム疫学の常に最新のビューを取得します。
現時点では、全体像は次のようになっています。
ここでは、ツリーの左側に紫色で中国の武漢で最も早い感染を見ることができます。 武漢のこれらすべてのゲノムは、11月下旬または12月上旬に共通の祖先を持ち、このウイルスが最近ヒト集団に出現したことを示唆しています。
アメリカでの最初のケースは「USA / WA1 / 2020」と呼ばれていました。 これは、1月15日に武漢からワシントン州スノホミッシュ郡に直接帰国した旅行者からのもので、1月19日に綿棒が収集されました。このウイルスは、米国CDCウイルス病部門によって迅速にシーケンスされ、 この）。 関連するウイルスの中にWA1を配置するためにツリーを拡大できます。
ここでは、ツリーの左側に紫色で中国の武漢で最も早い感染を見ることができます。武漢のこれらすべてのゲノムは、11月下旬または12月上旬に共通の祖先を持ち、このウイルスが最近ヒト集団に出現したことを示唆しています。
アメリカでの最初のケースは「USA / WA1 /
2020」と呼ばれていました。これは、1月15日に武漢からスノホミッシュ郡に直接帰国した旅行者からのもので、1月19日に綿棒が収集されました。このウイルスは、米国CDCウイルス病部門によって迅速にシーケンスされ、この）。関連するウイルスの中にWA1を配置するためにツリーを拡大できます。
このウイルスは、1月21日に福建省でサンプリングされた福建省からのウイルスと同一のゲノムを持ち、武漢からの旅行輸出としてもラベル付けされており、これら2つの症例の密接な関係を示唆しています。
先週、シアトルインフルスタディは、ここで説明したようにCOVID-19のサンプルのスクリーニングを開始しました。スクリーニングを開始してすぐに、スノホミッシュ郡のサンプルで最初の陽性を発見しました。このケースは注目に値し、「コミュニティケース」であり、米国で2番目に認められたのは、インフルエンザ様症状の治療を求め、インフルエンザの検査を受けた後、軽度の病気のために帰宅した人です。これが2月28日金曜日にShoreline
Public Health labsによって診断的に確認された後、すぐにシーケンサーでサンプルUSA /
WA2 / 2020を取得し、2月29日土曜日にゲノムを入手できました。結果は驚くべきものでした。 WA2の場合は、3つの追加の突然変異があったことを除いて、WA1と同じでした。
このツリー構造は、WA1の直接の子孫であるWA2と一致しています。このウイルスが1月中旬に武漢からのWA1旅行者と一緒にスノホミッシュ郡に到着し、5週間ローカルに循環した場合、WA2ゲノムはWA1ゲノムのコピーであり、一部の変異を除いてそれらを隔てる5週間にわたって生じました。
繰り返しますが、このツリー構造はWA1からWA2に至る伝送チェーンと一致していますが、直接伝送ではなく偶然にこのパターンが発生する確率を評価したいと考えました。科学者はしばしば、「ヌルモデル」を考えてこの状況にアプローチしようとします。つまり、偶然の一致である場合、偶然の可能性はどれくらいでしたか？ここでは、WA1とWA2はウイルスゲノムの18060のサイトで同じ遺伝的変異体を共有していますが、この変異体を保有しているのは中国の2/59シーケンスウイルスのみです。この低頻度を考えると、WA2が2/59 = 3％で同じ遺伝的変異をランダムに持っている可能性が予想されます。私にとって、これは完全に決定的な証拠ではありませんが、WA2がWA1の直接の子孫であるという強力な証拠です。
これらのケース間の関係に関する追加の証拠は、場所から得られます。 シアトルインフルスタディでは、シアトル周辺のあらゆる地域からウイルスをスクリーニングしましたが、スノホミッシュ郡で15マイル以内のケースで好意的な打撃を受けました。 これ自体は示唆に過ぎませんが、遺伝データと組み合わせると、継続的な感染の確固たる証拠となります。
私はこのシナリオを「暗号伝送」と呼んでいます。 これは、「検出されない送信」を意味する技術用語です。
シナリオの最良の推測は次のようになります。
これは、WA1の場合、隔離される前の1月15日から1月19日までの期間に他の人がウイルスにさらされたために発生したと考えられます。 この2番目の症例が軽度または無症候性であった場合、公衆衛生による接触追跡の取り組みでは、それを検出するのが困難でした。
この時点以降、コミュニティへの拡散が発生し、CDCの狭いケースの定義により、中国への直接旅行またはテストの対象となる既知のケースとの直接的な接触が必要なため、検出されませんでした。
このテストの欠如は重大なエラーであり、スノホミッシュ郡とその周辺での発生が検出される前にかなりの問題に成長することを可能にしました。
1月15日に送信が開始されたことがわかれば、今日このクラスターに存在する感染の総数を推定できます。
予備分析では、これを570に設定し、80〜1500感染の90％の不確実性間隔を設定しています。
武漢では、2019年11月から12月のインデックスケースから2020年1月中旬までに数千件になり、したがって、最初の種まきイベントから9週間から10週間の間に広範囲に伝播することがわかっています。 シアトル地域のシードイベントは1月15日で、現在は7週間後だと考えています。 シアトルは、1月1日頃に武漢のようになり、原因不明のウイルス性肺炎の最初の患者集団を報告していたと思われます。
現在、シアトルで約600の感染を推定しています。これは、1月1日の武漢の感染数の物理力学的な推定と一致します。3週間後、武漢は何千もの感染を持ち、大規模なロックダウンに置かれました。
しかし、社会的距離を作るためのこれらの大規模な非医薬品的介入は、結果として生じる流行に大きな影響を及ぼしました。 中国はこれらの介入措置を通じて何百万もの感染を回避し、そこでの症例は大幅に減少しました。
これは、これが制御可能であることを示唆しています。現在、重要な分岐点にいますが、これを大幅に軽減できます。
非医薬品介入を実施するいくつかの方法には以下が含まれます。
多数の人々が参加するイベントへの参加を制限するなど、社会的距離を保つ。
仕事と雇用主が許可している場合は、自宅で仕事をします。
気分が悪いときは家にいる。
発熱した場合は毎日体温を測定し、自己隔離して医師に連絡してください。
適切な手洗いの実践-定期的に手を洗うことは非常に重要です。
肘や組織の咳やくしゃみを覆う
洗っていない手で目、鼻、口に触れないようにします。
ドアノブなど、頻繁に触れる表面の消毒。
社会的距離やサプライチェーンの不足を見越して、処方薬の十分な供給を確保し、約2週間の食料やその他の必要な家庭用品の供給を確保するなど、いくつかの準備を開始します。
これらの準備を念頭に置いて、パニックで購入しないことが重要です。
パニック購入は、サプライチェーンへの負担を不必要に増加させ、すべての人が必要な物資を確実に手に入れることが困難になる可能性があります。
詳細については、以下を参照してください。
COVID-19の公衆衛生シアトルおよびキング郡リソースセンター
ワシントン州保健省COVID-19のリソースセンター
米国疾病管理予防センター– COVID-19リソースページ
＜宇野＞
最も気になるのが、最後の手書きの図です。
中国が収束した後、
4-５月に他の地域で多発的に感染が拡大することを暗示しています。
唯一救える手段は、社会的拘束であるけれど、
今、日本で起きているように、
それによるパニック購入も示唆されています。
・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新9２＞
2020年３月４日 AM７時００分～９時４０分
中国から学ぶ
この特集号から得られる知見を箇条書きにします。
ゲノムは様々な要素を有する
Their
data showed that the 2019-nCoV viral genomes have about 79% homology to the
genome of severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus (SARS-CoV),
about 52% homology to that of Middle East respiratory syndrome coronavirus
(MERS-CoV), and about 87% homology to the genomes of two strains of bat-derived
SARS like coronavirus identified in Zhoushan in 2015.
2019-nCoVウイルスゲノムが重症急性呼吸器症候群（SARS）コロナウイルス（SARS-CoV）のゲノムと約79％の相同性を持ち、中東呼吸器症候群コロナウイルス（MERS-CoV）のゲノムと約52％の相同性があることを示しました、2015年にZhoushanで同定されたコロナウイルスのようなコウモリ由来SARSの2系統のゲノムと約87％の相同性があった。
感染していてもウイルス量によってPCRは陰性
Polymerase
chain reaction (PCR)-based diagnostic reagents have been rapidly developed
based on available viral genome sequences, and these have served as important
screening tools. Nevertheless, it is necessary to develop other types of
diagnostic reagents, such as assays for antibodies and antigens, as PCR cannot
detect the virus when it is present below a threshold level. The optimization
of sample type and the time window selected for viral detection as well as the
combination of different methods of diagnosis can improve diagnostic accuracy
and decrease false negatives which can be an obstacle to the prevention of
virus transmission.
ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）ベースの診断試薬は、利用可能なウイルスゲノムシーケンスに基づいて急速に開発されており、これらは重要なスクリーニングツールとして役立っています。それでも、PCRがウイルスがしきい値レベル以下で存在する場合、ウイルスを検出できないため、抗体や抗原のアッセイなど、他の種類の診断試薬を開発する必要があります。ウイルス検出用に選択されたサンプルタイプと時間ウィンドウの最適化、およびさまざまな診断方法の組み合わせにより、診断精度が向上し、ウイルス感染の防止の障害となる可能性のある偽陰性が減少します。
無症状でも伝染性がある
Some
cases are characterized by mild symptoms and close-to-normal body temperatures
and some are asymptomatic carriers, but both symptomatic and asymptomatic
patients are contagious, which leads to difficulties in the timely
identification of cases.
軽度の症状と正常に近い体温を特徴とする症例もあれば、無症候性の保因者もいますが、症候性患者と無症候性患者の両方は伝染性であるため、症例のタイムリーな特定が困難になります。
ウイルスの突然変異に注意
Past
research into the pathogenic mechanism of SARS may help inform our
understanding of 2019-nCoV, as studies have shown that the novel virus shares
the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor with SARS-CoV. In the
pathogenesis of SARS, ACE2 contributes to lung injury and increases vascular
permeability, but the role of the receptor in the pathogenesis of COVID-19
still needs to be evaluated. As 2019-nCoV is an RNA virus that does not contain
any proofreading mechanism during genome replication, it is prone to mutations;
moreover, distinct viral subspecies have been identified within hosts. Thus, it
is necessary to investigate the biological characteristics and mutation trends
of 2019-nCoV to assess viral transmissibility and pathogenesis.
SARSの病原性メカニズムに関する過去の研究は、新規ウイルスがアンジオテンシン変換酵素2（ACE2）受容体をSARS-CoVと共有することを示しているため、2019-nCoVの理解に役立つ可能性があります。 SARSの病因において、ACE2は肺損傷に寄与し、血管透過性を増加させますが、COVID-19の病因における受容体の役割を評価する必要があります。 2019-nCoVはゲノム複製中に校正メカニズムを含まないRNAウイルスであるため、突然変異を起こしやすいです。
さらに、宿主内で異なるウイルス亜種が特定されています。 したがって、ウイルスの伝染性と病因を評価するには、2019-nCoVの生物学的特性と突然変異の傾向を調査する必要があります。
封鎖や規制しなければ指数関数増加する可能性がある
The
lockdown of 17 cities in Hubei province and the implementation of nationwide
control measures efficiently prevented an exponential growth in the number of
cases.
湖北省の17都市の封鎖と全国的な規制措置の実施により、症例数の指数関数的増加が効果的に防止されました。
喫煙者と入院時高温は重症化しやすい
The
results of univariate logistic analysis found that age (odds ratio [OR], 10.575;
95% confidence interval [CI]: 2.095-53.386; P = 0.004), history of smoking (OR,
12.187; 95% CI: 1.762-84.306; P = 0.011), maximum body temperature at admission
(OR, 9.709; 95% CI: 1.176-83.330; P = 0.035), respiratory failure (OR, 8.021;
95% CI: 2.022-31.821; P = 0.003), severe illness (OR, 4.651; 95% CI:
0.930-23.250; P =0.061), albumin (OR, 12.536; 95% CI: 2.409-65.233; P = 0.003),
creatinine (OR, 6.800; 95% CI: 1.424-32.470; P = 0.016), procalcitonin (OR,
3.831; 95% CI: 0.551-27.027; P = 0.071), C-reactive protein (OR, 5.988; 95% CI:
1.179-30.30; P =0.031) were significantly associated with the disease
progression. Furthermore, the multivariate logistic analysis indicated that age
(OR, 8.546; 95% CI: 1.628-44.864; P= 0.011), history of smoking (OR, 14.285;
95% CI: 1.577-25.000; P = 0.018), maximum body temperature at admission (OR,
8.999; 95% CI: 1.03678.147, P = 0.046), respiratory failure (OR, 8.772, 95%
CI: 1.94240.000; P =0.016), albumin (OR, 7.353, 95% CI: 1.09850.000; P
=0.003) and C-reactive protein (OR, 10.53; 95% CI: 1.224-34.701, P = 0.028)
were risk factor for disease progression.
単変量ロジスティック分析の結果、年齢（オッズ比[OR]、10.575、95％信頼区間[CI]：2.095-53.386、P = 0.004）、喫煙歴（OR、12.187、95％CI：1.762-84.306）が見つかりました。 ; P = 0.011）、入院時の最高体温（OR、9.709; 95％CI：1.176-83.330; P = 0.035）、呼吸不全（OR、8.021;
95％CI：2.022-31.821; P = 0.003）、重症病気（OR、4.651; 95％CI：0.930-23.250;
P = 0.061）、アルブミン（OR、12.536; 95％CI：2.409-65.233; P = 0.003）、クレアチニン（OR、6.800; 95％CI：1.424-
32.470; P = 0.016）、プロカルシトニン（OR、3.831;
95％CI：0.551-27.027; P = 0.071）、C反応性タンパク質（OR、5.988;
95％CI：1.179-30.30; P = 0.031）病気の進行とともに。さらに、多変量ロジスティック分析では、年齢（OR、8.546; 95％CI：1.628-44.864; P = 0.011）、喫煙歴（OR、14.285; 95％CI：1.577-25.000;
P = 0.018）、最大体入院時の体温（OR、8.999;
95％CI：1.03678.147、P = 0.046）、呼吸不全（OR、8.772、95％CI：1.94240.000;
P = 0.016）、アルブミン（OR、7.353、95％CI ：1.098±50.000;
P = 0.003）およびC反応性タンパク質（OR、10.53; 95％CI：1.224-34.701、P = 0.028）は、疾患進行の危険因子でした。
咽頭陰性でも便や尿に出る
Among
these 55 patients, 43 had a longer duration until stool specimens were negative
for viral RNA than for throat swabs, with a median delay of 2.0 (1.0–4.0) days.
Results for only four (6.9%) urine samples were positive for viral nucleic acid
out of 58 cases; viral RNA was still present in three patients’ urine specimens
after throat swabs were negative. Using a multiple linear regression model
(F=2.669, P=0.044, and adjusted R 2 =0.122), the analysis showed that the CD4+
T lymphocyte count may help predict the duration of viral RNA detection in
patients’ stools (t=-2.699, P=0.010). The duration of viral RNA detection from
oropharyngeal swabs and fecal samples in the glucocorticoid treatment group was
longer than that in the non-glucocorticoid treatment group (15 days vs 8.0
days, respectively; t=2.550, P=0.013) and the duration of viral RNA detection
in fecal samples in the glucocorticoid treatment group was longer than that in
the non-glucocorticoid treatment group (20 days vs 11 days, respectively;
t=4.631, P <0.001). There was no statistically significant difference in
inflammatory indicators between patients with positive fecal viral RNA test
results and those with negative results (P >0.05).
これらの55人の患者のうち、43人は糞便検体が咽頭スワブよりもウイルスRNA陰性であるまでの期間が長く、中央値は2.0（1.0〜4.0）日でした。 58例中4例（6.9％）の尿サンプルの結果がウイルス核酸陽性でした。咽頭スワブが陰性になった後も、3人の患者の尿検体にウイルスRNAがまだ存在していました。多重線形回帰モデル（F = 2.669、P = 0.044、調整済みR 2 = 0.122）を使用して、分析により、CD4 + Tリンパ球数が患者の便中のウイルスRNA検出期間の予測に役立つことが示されました（t = -2.699 、P = 0.010）。グルココルチコイド治療群の口腔咽頭スワブおよび糞便サンプルからのウイルスRNA検出の期間は、非グルココルチコイド治療群のそれよりも長く（それぞれ15日対8.0日、t = 2.550、P =
0.013）、ウイルスの持続時間は糖質コルチコイド治療グループの糞便サンプルでのRNA検出は、非糖質コルチコイド治療グループのそれよりも長かった（それぞれ20日対11日、t = 4.631、P <0.001）。糞便ウイルスRNA試験結果が陽性の患者と陰性結果の患者の間で炎症指標に統計的に有意な差はなかった（P> 0.05）。
NPPVは気管内挿管を減らす
Non-invasive
positive pressure ventilation (NPPV) can reduce the rate of tracheal
intubation; therefore, theoretically, it can significantly reduce the risk of
infection of medical personnel during tracheal intubation and artificial airway
management for COVID-19 pneumonia patients.
非侵襲的陽圧換気（NPPV）は、気管挿管率を低下させる可能性があります。したがって、理論的には、COVID-19肺炎患者の気管挿管および人工気道管理中の医療従事者の感染リスクを大幅に低減できます。
ECMOは死亡率を減らす
Extracorporeal
membrane oxygenation (ECMO) use has been increasing in severe respiratory
and/or cardiac failure despite implementation of conventional care. Compared
with that in patients receiving only conventional respiratory care, the
fatality of those who had received ECMO was significantly lower (100% vs. 65%).
体外膜酸素化（ECMO）の使用は、従来のケアの実施にもかかわらず、重度の呼吸不全および/または心不全で増加しています。
従来の呼吸ケアのみを受けている患者と比較して、ECMOを受けた人の死亡率は有意に低かった（100％対65％）。
・・・・・・・・・・・・
＜更新91＞
2020年３月３日 PM７時１０分
検査せず感染者ゼロのハワイ
日本では、軒並み、観光地がダメージを受けている。
では、
世界的観光地のハワイはどうであろうか？
愛知県でハワイから帰国後に感染が判明した例があった。
しかし、そのハワイでは、
新型コロナウイルスの感染が確認されていない。
ところが、
それは、
単に、
検査をしていないだけだということが報道されている。
こういうことは、
後に、その観光地の取り返しのつかない後遺症を残すに違いない。
その後、2月27日に、初めて検査が施行され、陰性であったことが報道された。
https://www.khon2.com/top-stories/hawaii-tests-first-possible-covid-19-case-lawmakers-plan-for-economic-impact/
そして、ハワイでウイルスが広まると経済的に甚大な損失を生じると懸念しながら、
ただ1例一回だけの検査で陰性だったことで、
ハワイでは、新型コロナウイルス感染は確認されていないとしている。
ある意味、すごいな。。。
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＜更新90＞
2020年３月３日 AM６時３０分
ついに、感染確認者数は世界で9万人を超えた。
中国以外は1万人以上となり、1月31日頃の中国のレベルに匹敵するので、
このペースであれば、1週間以内に2万人となる。
記録：本日、経産省がマスクの再利用について周知を検討していると報道された。
昨日、新型コロナウイルス感染症対策専門家会議は、10代、20代、30代では、
感染しても症状が軽いので、周囲に感染させる危険を述べた。
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＜更新８9＞
2020年３月２日 PM３時３０分
リーズ大学：持続感染の可能性
＜更新87＞で、新型コロナウイルスが持続感染する可能性を示唆したが、
これについて、
英国リーズ大学微生物学のマーク・ハリス教授も、持続感染の可能性を指摘していた。
https://www.astbury.leeds.ac.uk/people/staff/staffpage.php?StaffID=MH
14 PER CENT of coronavirus patients tested positive a SECOND time in one
Chinese region, health official admits
·
Patients in Guangdong Province were
struck again after being given all clear
·
It comes after a 40-year-old woman
in Japan was diagnosed a second time
·
Experts say the virus may be
'persistent' infection that can lie dormant in people
PUBLISHED: 27 February 2020
https://www.dailymail.co.uk/news/article-8052173/14-CENT-coronavirus-patients-tested-positive-SECOND-time-one-Chinese-region.html
Around
14 per cent of coronavirus patients tested positive a second time in one
Chinese region despite being given the all clear。
A
health official in Guangdong Province told The New York Times the reinfected
patients had been discharged from hospital after testing negative for the virus
but then fell ill again later。
It
follows reports in Japan of a 40-year-old woman who tested positive for a
second time yesterday。
Experts
said the cases raised fears the virus could be a」persistent」infection、meaning it can lie
dormant in patients for years and suddenly flare up again、such as viruses that
lead to herpes and chickenpox。
Professor
Mark Harris、a virology expert at the
University of Leeds、said：「Although coronaviruses generally cause short-term、self-limiting infections
which are cleared、there is some evidence in the scientific literature
for persistent infections of animal coronaviruses、mainly in bats 」
Scientists
believe the virus may have originally spread to humans from wild animals、possibly bats、being sold as food in
markets in Wuhan、the Chinese city at the epicentre of the outbreak。
Professor
Harris added：「The reports that patients
who tested negative subsequently tested positive again is clearly of concern。
「It is unlikely that they
would have been reinfected having cleared the virus、as they would most likely
have mounted an immune response to the virus that would prevent such
reinfection. The other possibility therefore is that they did not in fact clear
the infection but remained persistently infected」
リーズ大学のウイルス学の専門家であるマーク・ハリス教授は、次のように述べています：「コロナウイルスは一般に短期の自己制限感染を引き起こし、体内から消失しますが、主にコウモリの動物コロナウイルスの持続感染に関するいくつかの証拠があります
」
科学者たちは、このウイルスがもともと野生動物、おそらくコウモリから人間に感染し、流行の震源地である中国の都市武漢の市場で食料として販売されていたと考えています。
ハリス教授は次のように付け加えました：「陰性の患者がその後の再検査で陽性を示したという報告は明らかに懸念事項です。ウイルス消失後に再感染した可能性は低いと思われます。そのような再感染を防ぐウイルスへの免疫応答が存在している可能性が高いためです。したがって、他の可能性は、持続的に感染したまま、彼らが実際に感染をクリアしなかったということです」
・・・・・・・・・・
マーク・ハリス教授は、この記事の6日前に、持続感染を否定していました。
湖北省の医師が、一旦軽快してPCRが陰性になっても、
他の人に感染を引き起こす可能性を示唆したことについて、
その証拠がないとNews Weekに答えていました。
日本の大阪の例を知った後、考えが変わったようです。
Newsweek
RECOVERED CORONAVIRUS PATIENTS WHO HAVE TRACES OF COVID-19 IN THEIR BODIES COULD INFECT OTHERS, DOCTOR WARNS
Traces of COVID-19—the new coronavirus that has
been diagnosed in tens of thousands of people—have been detected in recovered
patients, leading a Chinese expert to raise concerns they could still be
contagious even after their symptoms have passed.
Zhao Jianping, the head of a team tackling
COVID-19 in Hubei province—the epicenter of the outbreak—said some patients who
recovered from the infection had tests looking for organisms, such as a virus
or bacteria, in the body.
The nucleic acid tests revealed COVID-19 was
still lurking in their systems, he said in an interview with the Southern
People Weekly magazine seen by the South China Morning Post. Zhao, a
respiratory and critical care specialist at Tongji Hospital in Wuhan, Hubei,
did not appear to state how many people his claim related to. Zhao said throat
and nose swabs of a couple in Canada who had recovered from COVID-19 also
showed they were carrying traces of the virus.
"This is dangerous. Where do you put these
patients? You can't send them home because they might infect others, but you
can't put them in hospital as resources are stretched," SCMP quotes him as
saying.
However, professor Mark Harris of the School of
Molecular and Cellular Biology at the University of Leeds, U.K. cautioned to
Newsweek that he is not aware of any scientific publications showing evidence
for virus in recovered patients. "It is certainly possible but unlikely to
be high levels or persist for a long period— otherwise they would continue to
show symptoms. We need some solid scientific evidence before making any
conclusions about this," he said.
しかし、英国リーズ大学の分子細胞生物学の教授であるマーク・ハリス教授は、ニューズウィークに、回復した患者のウイルスの証拠を示す科学出版物を知らないことを警告しました。
「それは確かに可能ですが、高レベルであるか長期間持続する可能性は低いです。そうでなければ、症状を示し続けるでしょう。これについて結論を出す前に、確かな科学的証拠が必要です」と彼は言いました。
・・・
このように、否定的であった学者が、その後のエビデンス（大阪の例）によって、考えを変えるということは、非常に重要な意味を持っていると思われます。
実際に、ハリス教授は、2月27日に、より強く述べています。
Science Media Centre
FEBRUARY
27, 2020
expert reaction to people being re-tested positive for coronavirus after initial recovery
FEBRUARY 27, 2020
expert reaction to people being re-tested positive for
coronavirus after initial recovery
There
has been a case reported in Japan where a woman has been confirmed as a
coronavirus case for 2nd time, after previously recovering from the illness.
Prof Mark
Harris, Professor of Virology, University of Leeds, said:
“The reports that
patients who tested negative subsequently tested positive again is clearly of
concern. It is unlikely that they would have been reinfected having cleared
the virus, as they would most likely have mounted an immune response to the
virus that would prevent such reinfection. The other possibility
therefore is that they did not in fact clear the infection but remained
persistently infected. Although coronaviruses generally cause short-term self-limiting
infections which are cleared, there is some evidence in the scientific
literature for persistent infections of animal coronaviruses (mainly in
bats). Clearly we need more information about these patients, such as were
there underlying medical conditions or a change in circumstances that might
have allowed the virus to escape immune control? This highlights the need
for more research into the biology of the new coronavirus, it is very much
early days in our efforts to understand it.”
・・・・・・・・・・・
しかし、もし、持続感染すると明確になれば、
治療薬の需要が莫大となるため、
費用対効果から製薬会社は抗ウイルス薬の開発にしのぎを削るであろう。
・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新８８＞
2020年３月2日 AM７時１０分
世界の感染者数のデータでは、
中国以外は、未だに緩やかなカーブのように思われる。
https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6
しかし、その図の横を縮めると、
指数関数増加になっていることがわかる。
このカーブを中国のカーブと重ねると、
中国の1カ月前の曲線と一致していた。
パンデミックの箱が開いたようである。
世界は、今後に備える必要がある。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新８７：追加２＞
2020年2月2９日 PM３時１０分
子供を守る理由
１．感染しても症状がない
WHOの報告では、子供から大人への感染が確認されていないとのことです。
https://www3.nhk.or.jp/news/html/20200229/k10012308111000.html
しかし、そのデータは隔離され、社会的活動が停止された状態の武漢を中心とするエリアでのもので、子供からの感染機会は少ない状態であったでしょう。また、検査は有症状しか行っておらず、無症状者を含めた集団全体の検査が行われていません（感染接触者での研究あり：注１）。そのため、子供では症状がないか、症状があっても軽度である子供たちが検査される機会が非常に少ないため、子供が感染しにくいというエビデンスはないのです。症状を生じにくいというエビデンスがあるだけです。
このことは、米国でも議論されています。
https://www.statnews.com/2020/02/27/coronavirus-kids-what-role-transmission/
It’s not clear whether the low detection
rates among young children means those infections are indeed rare, or if they
are mild enough that they tend to escape detection. Baric noted several case
studies from China that showed a low number of children who, although they
tested positive, didn’t have obvious disease. However, CT scans revealed
changes in their lungs that are characteristic to this infection.
Peiris and Baric both think children are
probably playing a role in spreading the virus.
“If they are infected, there is no reason to believe that they will
not transmit,” said Peiris.
“There’s no evidence for any of this, but
given the available data, that is quite a plausible scenario that one needs to
think about.”
https://qz.com/1810299/can-kids-get-coronavirus/
“there’s reason to think kids may be helping to amplify
transmission,”
たとえ、感染していても、咳やくしゃみがないのであれば、
他の人に感染させないのではないかとも思われますが、
20歳の全く無症状のキャリアが、5人に感染させたという症例が報告されています。
また、
中国で、一旦、PCRが2回連続して陰性になった後、
再び３回以上陽性になった患者が4人報告されていますが、
それらは30～36歳と比較的若い医療関係者という特徴がありました。
そして、そのうち一人は無症状でした。
Lan Lan, et al. Positive RT-PCR Test Results in Patients Recovered From COVID-19. JAMA. Published online February 27, 2020. doi:10.1001/jama.2020.2783
そして、症状のない感染者（無症候性キャリア）では、
咳やくしゃみがなくとも、食べ物や飲み物の共有によって、
感染する可能性が指摘されています。
https://www.livescience.com/coronavirus-spread-after-recovery.html
注１）15歳以下は無症候性感染となりやすい
中国の南京病院で新型肺炎の患者と接触のあった人々のPCR検査で新型コロナウイルス感染と診断されながら、無症状であった症例は24例あり、そのうち、4分の１（6例）は15歳以下でした。
さらに、PCR陽性で胸部CTで肺炎を示さなかったケースの平年低中央値は14歳でした。
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.20.20025619v2
Clinical Characteristics of 24 Asymptomatic Infections with COVID-19 Screened among Close Contacts in Nanjing, China：Posted February 25, 2020.
２．一過性で終わる証拠がない
子供たちへの最大の懸念は、このウイルスの性質がまだわからないということです。
確かに、感染形式や潜伏期、症状、肺炎の経過や致死率はわかってきましたが、これらはすべて一過性の急性感染症としてのデータです。問題なのは、長期的に継続するslow virusにならないと明言できないことです。感染して急激に重症化する場合もあれば、一過性の風邪症状の後、症状がなくなってもウイルスが残存し、だらだらと感染が継続しているケースがあることが、不気味なのです。
これまでのコロナウイルスよりも非常に高い感染性があり、
致死率はインフルエンザの20倍以上です。
従来の常識が通用しないのです。
昨日、記したHIVとの関係について、新型コロナウイルスではSARSやMERS、また他のコロナウイルスと違ってHIV様遺伝子を有することについて、タイのメディアは天津の南海大学の教授に電話インタビューして確認したことが掲載されています。（フェイクではないようです）
３．韓国では幼稚園、大学にも適用している
https://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_outbreak_in_South_Korea
As of 18 February, most universities in South Korea had announced plans to postpone the start of the spring semester. This included 155 universities planning to delay the semester start by two weeks to 16 March, and 22 universities planning to delay the semester start by one week to March 9.
４．英国でも2カ月の休校が検討されている
https://www.standard.co.uk/news/world/uk-coronavirus-covid19-schools-closed-a4373896.html
England’s chief medical officer has said that time is running out before coronavirus starts to spread in the UK as he warned of prolonged school closures and cancelled sporting events.
＜追加資料＞
新型肺炎での重症例ではCD4T cellが減少する。
doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.16.20023903
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.16.20023903v1
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.16.20023903v1.full.pdf
このような減少は、致死率の高いSARでもみられた。
今後、持続的感染者がエイズのように持続的にCD4が減少することがないか、
経過観察が必要である。
CD4陽性リンパ球：
http://hok-hiv.com/knowledge/about/
・・・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新８６＞
2020年2月2８日 PM４時１０分
Furin inhibitor
今、一番ホットな話題は、新型コロナウイルスとHIV（エイズウイルス）との関係である。
なぜ、コロナウイルスなのに、早急にプロテアーゼ阻害薬のHIVの薬が使用されたのか、疑問に思って調べてゆくと、新型コロナウイルスとHIVの関係が、話題になっていた。
COVID-19 (SARS-CoV-2)がHIV遺伝子を有すことがインドから報告されたが、その後、論文が撤回された。しかし、最近になって、フランスと中国から、同様の話が出てきたということで、注目すべきは中国の南海大学のRuan Jishou教授である。
このことについて、最も詳しいのは、以下である。
https://indeep.jp/coronavirus-has-hiv-like-mutation-scientists-say/
SARSのコロナウイルスでは、ウイルスが細胞内に侵入する経路としてACE2を介すが、この新型コロナウイルスは、「Furinフーリン」酵素が関与している。そして、Ruan
Jishou教授は、これについて、中国語で論文を執筆している。
https://www.researchgate.net/profile/Jishou_Ruan2
また、マルセイユ大学からも、新型コロナウイルスでは、ほかのコロナウイルスにはないフーリン様接合部位との関連があると報告された。
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0166354220300528
なにはともあれ、
Furin inhibitors フーリン阻害薬の研究が急務である。
・・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新８５＞
2020年2月2８日 PM１２時１０分
中国の感染者数を読む
データを見てみましょう。
https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6
一見、中国の感染者数の増加が減少し、落ち着いてきたように見えます。
しかし、ここ数日のデータを見ると、なぜか、以前に私が予想した人数に近似しています。
じっと見ていると、その理由がわかりました。
中国では、ある時点で、PCRではなく、
より多くの感染者を診断できる胸部CTによる診断を開始しました。
そのため、感染者数が急増しましたが、その後、また、PCR法に戻しました。
たとえれば、マラソンの途中で、車に乗って、その後、ゆっくり歩いているようなものです。
つまり、PCR法だけで行っていれば、
下の右図の赤線になります。
（診断法の変更は、それぞれを青の矢印）
つまり、今の時点では、データ操作のバイアスがあるため、
中国が収束方向に向かっているとは、まだ言えません。
今後、中国での一日の発生数500人以下（待機者がなく）が続けば、収束傾向と言えるでしょう。
中国では、インターネットで小学、中学の授業が行われていますが、
それくらい（外出禁止）しても、直線化の増加が続くということかもしれません。
3月になり、パンデミックが起こり、中国外の感染者が中国と同じように増加すれば、
以下のようになうかもしれません。
・・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新８４＞
020年2月2８日 AM７時３０分
中国の病理解剖報告
（BS1 ワールドニュースより）
中国から新型肺炎で死亡した賢者の病理解剖の結果が報告されている。
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS2213-2600(20)30076-X/fulltext
http://www.bjd.com.cn/a/202002/28/WS5e58e182e4b05d1eff0b370d.html
http://news.xmnn.cn/xmnn/2020/02/26/100676831.shtml
https://news.sina.com.cn/c/2020-02-26/doc-iimxxstf4389949.shtml
https://www.bdxfy.com/feiyan/10741.html
その結果、以下が示された。
１．
SARSと比較して、肺の線維化は軽度であるが、肺を損傷するだけでなく、免疫系や多臓器の損傷があるが心筋を直接損うという証拠はない。
２．
気管支に非常に粘調な粘液が充満しており、人工呼吸器による陽圧によって呼吸状態を悪化させる可能性がある。粘液を希釈・溶解して排泄する必要がある。
つまり、重症化して人工呼吸器感になると、気管内の粘液を厳重に排除しないと死亡するということである。こういう場合は、気管支鏡（ブロンコ）で頻回に吸引する必要がある。その操作に手間取っていると低酸素になるので、経路を短くするために人工呼吸器管理後すぐに安全な気管切開キットで気管切開することが必要である。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
＜更新８３＞新型コロナウイルス肺炎 (4)
1回だけのPCRは3～4割を見逃す
2020年2月2８日 AM６時２０分
１）新型肺炎：初回のPCR検査で3割見逃し
（2020年2月19日公開論文）
症状があって、胸部CTと咽頭サンプルのPCRを比較した研究では、
一回のPCR検査ではその感度は71％であり。約3割が見逃されることがわかった。
https://pubs.rsna.org/doi/10.1148/radiol.2020200432
Yicheng
Fang, et al. Sensitivity of Chest CT for COVID-19: Comparison to RT-PCR.
Radiology Feb 19 2020https://doi.org/10.1148/radiol.2020200432
この研究では、初回にPCRが陰性であってもその後、4回までPCR検査が再検された。つまり、複数回のPCR検査を正解（ゴールド・スタンダードgold standard）とした研究である。一方、胸部CT検査では、その感度は98％であった。PCR検査の偽陰性の理由、つまり、PCR検査によって、ウイルス核酸検出の効率が低い理由として、1）核酸検出技術の問題、2）異なるメーカーの検出率のばらつき。3）患者のウイルス量が少ない。4）不適切な臨床サンプリングが考察された。
２）1014人の分析では一回PCRでは59％しか陽性にならない
（2020年2月２６日公開論文）
同様に、最大4回の検査をgold standardし、1000人以上を対象とした研究では、
初回のPCR検査ではわずか59％しか陽性にならないことが報告された。
https://pubs.rsna.org/doi/10.1148/radiol.2020200642
Tao Ai, et al. Correlation of Chest CT and RT-PCR
Testing in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in China: A Report of 1014
Cases. Radiology Feb 26 2020https://doi.org/10.1148/radiol.2020200642
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＜更新８２＞新型コロナウイルス肺炎 (4)
歴史的大英断：小中高休校
2020年2月2７日 PM７時5０分
感染を広めているのは、
おそらく、
陽性でも無症状の２０歳以下の若年者です。
中国で、若者の感染率が低いのは、
２０歳以下が、症状を来しにくいため、検査されていないとしか理解できないのです。
実際に、
１）中国から無症状の２０歳女性が短期間に５人に感染させ、それらに肺炎を生じたこが報告されている。
２）小児の感染者は重症化することは少なく、ほとんど軽度の風邪症状である。
https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/specific-groups/children-faq.html
３）１０代の陽性者がCTで肺炎が診断されたが、全く無症状であった症例が報告されている。
Lancet. 2020;395(10223):514-523. doi:
学校のクラス全員が感染しても、無症状や軽度の風邪の症状しかなく、
気が付かないので検査もせず、学級閉鎖などできません。
そして、若年者は、無症候性キャリアとなって、
無意識のまま、高齢者に感染を広める可能性があります。
無症状陽性者は、
全く自覚がないので、成人の感染者と違って、
部屋に閉じこもることもないのです。
だから、もっとも有効なのは、
２０歳以下の人々の行動制限です。
このコラムを読んでいる人は、
きっと、この流れに、納得しているでしょう。
私は、
本当のことを言って、
初めて、
安部首相の言葉に、
感銘しました。
この国、すごいなと思いました。
よく頑張った厚労省と文部省！
これが収束したら、
財務省は、すぐに紙幣刷新です。
ウイルス抵抗性の素材の紙幣という理由にすれば、
タンス預金など、すぐに大量に出てきます。
初め
安部首相の言葉に感動した。
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＜更新８１＞新型コロナウイルス肺炎 (4)
東京五輪とPCR検査
2020年2月2７日 PM２時１０分
この期に及んでも、東京五輪ができないと明言する学者や政治家がいない。
タブーなのであろう。
本来、東京五輪をこの状況（隣国で感染流行）で行うためには、国民が何と言おうと、原因不明の感染症の死亡が多発しても、ほとんど検査をせずに、あるいは検査の感度を下げるなどして、見かけ上、感染者や感染死亡者を増やさず、「日本では感染はコントロールされており、問題ない」とするしかなかった。しかし、その場合も、日本に来た外国人が帰国後、多数が発病し、病因が明確化するために、国際的信用を失う。それに気が付くと、どうすればいいのかわからなくなった？
図：全く検査しない、全て検査すると極端に分けた場合のその後
その後、原因不明の死亡でウイルス検査が行われるようになると、感染症での死亡がだんだんと認識されるようになり、さらに、検査件数が少なすぎることをマスコミが報道し始めた。その結果、日本国民は医療保険による検査を希望した。この選択は、感染者数が透明化することになり、国際的イベントが行われなくなることを意味することを国民が認識しているのかは、わからない。
韓国の感染患者の増加数は、中国で急増した傾向と同じパターンである。
しかし、これまでの日本の増加数は、このウイルスの流行パターンからすれば、何らかのバイアスが加わっているとしか思えない。日本の国がほかの国とは違って何らかの有効な予防を施行したのであれば、韓国や中国と違って指数増加しないことは考えられるが、そのような日本独自の予防策は日本で行っていないのである。
不気味なのは、韓国で直線化していた微増よりも、日本の直線部分でははるかに多いのである。このベースから急増すると（PCR検査を保険適応すると）、韓国をすぐに追い越すかもしれない。
しかし、多くの日本国民は、このことを理解しているに違いない。
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＜更新８０＞新型コロナウイルス肺炎 (4)
15分の新コロPCR検査
2020年2月26日 PM3時４0分
新型コロナウイルスのPCR検査が、
持ち運び可能な大きさで、
15分で検査結果ができる機器を来月から厚生労働省が導入することが報道された。
https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20200226-00000032-asahi-soci
これで、保険適応できない理由はなくなった。。。
